R：read.tableで型を指定して，取り込む

取り込んだデータを行列として演算を実行したいため，各要素を数値型にして以下のコードで取り込んだ。 mat <- read.table("filename", header=T, sep="", colClasses="numeric") Reference R：read.csv / read.tableで型と列名を指定して読み込む。 - Qiita

Pythonのvectorクラス

https://www.shido.info/py/python2.html#class

Blenderコンソールでキーフレーム変更のコードを実行した際のエラー

Blenderコンソールで次のコード実行時のエラー．キーフレームが０にあるのに，０にキーフレームを変えようとしたために生じたエラーだと思われる． >>> bpy.ops.anim.change_frame(frame=0) Traceback (most recent call last): File "<blender_console>", line 1, in <module> File "</module></blender_console>…

Blenderでのコンソールの表示方法（MacOS）

Blenderでのコンソール表示を簡単にできないかと探していたら良い記事があったので，紹介します。 Mac版blenderで簡単にコンソールを表示する方法 | 積み木Blog

Rでのライブラリ読み込みエラーの対処

Rstudioでライブラリ"rgl"を読み込もうとしたところ... $ library(rgl) Error : .onLoad は loadNamespace()（'rgl' に対する）の中で失敗しました、詳細は: call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) error: 共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.fr…

MacOS X YosemiteにhomebrewでRをインストール

基本的には参考サイト[1]と同じ手順で、Rをインストールしました。 % brew update % brew install gfortran GNU Fortran is now provided as part of GCC, and can be installed with: brew install gccGNUのFortranは現在だとGCCの一部として提供されている…

RStdioのキーバインド変更

RStdioでのキーバインドで上下の移動が、カーソルキーに割り当てられている。 これが少し使いにくいので、emacsキーバインドのCtrl+P, Nに割り当てる。>参考サイト http://cat.hackingisbelieving.org/blog/2012/08/16/how-to-change-key-bindings-in-the-rs…

Rによるファイルからのデータ読み込み

・データ数が行ごとで異なる場合のファイルの読み込み http://www.okada.jp.org/RWiki/?R%A4%C7%A5%C7%A1%BC%A5%BF%A5%AF%A5%EA%A1%BC%A5%CB%A5%F3%A5%B0#lf2f9bc3

Python, 配列のプリント

print >> wf, 'color red #0:%(list1)s.a@Ca' % {'list1':residue_list[j][i]} TypeError: unsupported operand type(s) for >>: 'builtin_function_or_method' and '_io.TextIOWrapper'配列を確認してみると、空の配列があったのでif文を使って配列に１つ以…

Python参考サイト２

モジュール ・6.モジュール（公式の和訳） http://docs.python.jp/2/tutorial/modules.html ファイルオープン ・ファイルを読み書きモードで開く方法について http://d.hatena.ne.jp/kakurasan/20090309/p1 ディクショナリーについて ・辞書オブジェクトの使…

Python参考サイト１

Pythonのリストについて ・Pythonのデータ構造 http://docs.python.jp/2/tutorial/datastructures.html ・リストの結合 http://mimikuson.blog110.fc2.com/blog-entry-26.html Pythonのプリントについて ・文字列内での変数展開 http://motw.mods.jp/Python/…

アリとゾウ

おれの師はいつも時間を意識している。 マックの操作も軽快でショートカットもマスターしている。 常に操作に時間をかけないことを考えいている。 そんな姿にいつもこんな思いを馳せています。 わたしがのんびり歩いていると、あなたの背中はどんどん離れて…

UCSFChimeraのコマンドライン操作

分子生物学の研究に携わる人間なら必ず触ったことのある分子ビューアーの１つ、Chimeraのコマンドライン操作について書きまみた。 color yellow #0:100-200.a@Caこれで表示させている’０’番目のタンパク質のアミノ酸残基番号’100〜200’番目の’Cα’原子を’黄色…

ぱいてにょがくしゅう

複数のファイル読み込み ・Pythonでファイルを読む http://osksn2.hep.sci.osaka-u.ac.jp/~taku/osx/python/readfile.html 圧縮ファイルの展開、操作 ・gzip http://docs.python.jp/2/library/gzip.html ・tarfile http://docs.python.jp/2/library/tarfile.…

(・8・)＜コノハチャン！

Homebrewのインストール ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.github.com/Homebrew/homebrew/go/install)"Homebrewの使用に問題がないかの確認 $ brew doctorパッケージをインストール $ brew install "package name"今回は練習としてPythonとMongoDB、wgetを…

Pythonでタンパク質原子座標クラスタリング

NumPy, SciPy, SdiKitのインストール http://ibisforest.org/index.php?python%2Fnumpy#z10f277d

scikit-learnインストールしてみた

＜手順＞ scikit-learnをインストールするにはapt-getをシェルで使いたい ↓↑ apt-get取得のためにfinkが必要 ↓↑ fink取得のためにXcode必要 逆をたどればおk [ Xcodeの設定 ] ・Apple Developer Toolsのインストール↓ https://developer.apple.com/downloads…