    print >> wf, 'color red #0:%(list1)s.a@Ca' % {'list1':residue_list[j][i]}
TypeError: unsupported operand type(s) for >>: 'builtin_function_or_method' and '_io.TextIOWrapper'

配列を確認してみると、空の配列があったのでif文を使って配列に１つ以上値が入っているものだけをプリントするようにした。

if 0 > len(list):
   print '%(list1)s' % {'list1':list}

これでOK！かと思いきや・・・

    print >> wf, 'color red #0:%(list1)s.a@Ca' % {'list1':residue_list[j][i]};
TypeError: unsupported operand type(s) for >>: 'builtin_function_or_method' and
'_io.TextIOWrapper'

全体に括弧が無いから？

    print >> (wf, 'color red #0:%(list1)s.a@Ca' % {'list1':residue_list[j][i]})
TypeError: unsupported operand type(s) for >>: 'builtin_function_or_method' and
'tuple'

括弧つけてもダメ。type(s)がメソッドとタプルに使われるってこと？
そして、調べるうちにこのprintでの外部出力の方法がpython2の記法だということがわかり、python3の記法に変えてみる。

print('color red #0:%s.a@Ca' % residue_list[j][i], file = wf)

通った～！
あとから調べてわかったのが、最初にやっていたのは辞書型にしてプリントしようとしていたみたい。普通に、変数が指しているオブジェクトを表示したい場合は最後の書き方で良かったということです。

2014-07-15

Python参考サイト２

モジュール

・6.モジュール（公式の和訳）
http://docs.python.jp/2/tutorial/modules.html

ファイルオープン

・ファイルを読み書きモードで開く方法について
http://d.hatena.ne.jp/kakurasan/20090309/p1

プリントについて

・プリントオブジェクトを使ったファイルへの書き込み
http://www.lifewithpython.com/2013/08/print-statement.html

文字列置換

・正規表現を使った文字列置換
http://bi.biopapyrus.net/python/syntax/string.html
・正規表現とジェネレータ
http://www.geocities.jp/m_hiroi/light/python04.html

Chimera

・Chimera入門
http://yubais.x0.com/bio/chimera.html

2014-07-10

Python参考サイト１

Pythonのリストについて

・Pythonのデータ構造
http://docs.python.jp/2/tutorial/datastructures.html
・リストの結合
http://mimikuson.blog110.fc2.com/blog-entry-26.html

Pythonのプリントについて

・文字列内での変数展開
http://motw.mods.jp/Python/printf.html

Pythonでのエラーについて

・Can't assign to literal
http://stackoverflow.com/questions/18716564/python-cant-assign-to-literal

Linear Search, Binary Search

・ヒープソートと二分木探索
http://tokyo-ct.net/usr/kosaka/for_students/jissen1/akiyojissen1/kougi13.html

2014-07-09

アリとゾウ

おれの師はいつも時間を意識している。
マックの操作も軽快でショートカットもマスターしている。
常に操作に時間をかけないことを考えいている。
そんな姿にいつもこんな思いを馳せています。

わたしがのんびり歩いていると、あなたの背中はどんどん離れていく。
でもそれでいいの、あなたのペースにわたしはついていきます。
どれだけ離されようと、必ず追いつきます。
あなたが休憩しているときに、わたしが歩き続ければ良いのです。

2014-07-09

UCSFChimeraのコマンドライン操作

分子生物学の研究に携わる人間なら必ず触ったことのある分子ビューアーの１つ、Chimeraのコマンドライン操作について書きまみた。

color yellow #0:100-200.a@Ca

これで表示させている’０’番目のタンパク質のアミノ酸残基番号’100〜200’番目の’Cα’原子を’黄色’で表示するというコマンドになります。

ちめら（chimera）さんのコマンドラインでの操作については、あまり詳しい文献はないので、凝った操作がしたければ英語版のリファレンスを読むことになると思います。
英語勉強しなきゃ（ゝω・）ﾃﾍﾍﾟﾛ

2014-07-08

ぱいてにょがくしゅう

複数のファイル読み込み

・Pythonでファイルを読む
http://osksn2.hep.sci.osaka-u.ac.jp/~taku/osx/python/readfile.html

圧縮ファイルの展開、操作

・gzip
http://docs.python.jp/2/library/gzip.html
・tarfile
http://docs.python.jp/2/library/tarfile.html
・gzipの展開
http://omake.accense.com/wiki/Python/Snippet/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB

クラスタリングの準備

・Pythonパッケージインストーラが置いてあるサイト
http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

・scikit-learnで機械学習
 http://qiita.com/yasunori/items/8720c85e75b4679cae47

・機械学習とデータマイニング（東大鹿島先生）
http://www.geocities.jp/kashi_pong/course_machine_learning_2010.html

mosina’s diary

Rによるファイルからのデータ読み込み

Python, 配列のプリント